ネギの根に共生する微生物にはトマトの青枯病や萎凋病、半身萎凋病などの土壌病原菌の増殖を抑える作用があり、ネギの匂い成分にはアブラムシなどの害虫を防除する効果がある。
この2種の野菜を混植する際には、トマト苗植付け時に根鉢より一回り大きな穴を掘り、穴の側面に沿わせるように3～4株のネギ苗を置き、中央にトマトを配置する。生育と共に両者の根が絡み合う事により、トマトの病気予防効果が高まる。
トマトの果実が肥大したらその下の葉を取り除くようにすると、ネギによく日が当たって生育がよくなり、トマトの病害虫予防効果も高まる。
なお、ネギとの混植はトマトの他、ミニトマトでも同様の効果が得られる。
