ニラの根に共生する微生物にはトマトの青枯病や萎凋病、半身萎凋病などの土壌病原菌の増殖を抑える作用があり、ニラの匂い成分にはアブラムシなどの害虫を防除する効果がある。
この2種の野菜を混植する際には、トマト苗植付け時に根鉢より一回り大きな穴を掘り、ニラ数株の根を穴の底に敷くように置いて、その上にトマト苗を植え付ける。生育と共に両者の根が絡み合う事により、トマトの病気予防効果が高まる。
トマトの果実が肥大したらその下の葉を取り除くようにすると、ニラによく日が当たって生育がよくなり、トマトの病害虫予防効果も高まる。
なお、ニラとの混植はトマトの他、ミニトマトでも同様の効果が得られる。
