ネギの根に共生する微生物にはパプリカの青枯病などの土壌病原菌の増殖を抑える作用があり、ネギの匂い成分にはアブラムシなどの害虫を防除する効果がある。
この2種の野菜を混植する際には、パプリカ苗植付け時に根鉢より一回り大きな穴を掘り、穴の側面に沿わせるように3~4株のネギ苗を置き、中央にパプリカを配置する。生育と共に両者の根が絡み合う事により、パプリカの病気予防効果が高まる。
パプリカの3本に仕立てた枝より下の脇芽を小まめに取り除くようにすると、ネギの風通しと日当たりがよくなって生育が促され、パプリカの病害虫予防効果も高まる。
なお、ネギとの混植はパプリカの他、ピーマンやシシトウガラシ、トウガラシでも同様の効果が得られる。